La terza fase del Genocidio dopo la Simbolizzazione è la Discriminazione. Un gruppo dominante, guidato da un’ideologia esclusivista, usa la legge, le consuetudini e il potere politico per negare i diritti di altri gruppi. Alle minoranze non sono riconosciuti pieni diritti civili, diritti di voto o perfino la cittadinanza. L’ideologia sostiene la monopolizzazione o l’espansione del potere da parte del gruppo dominante, legittimando la vittimizzazione dei gruppi più deboli. I leader che sostengono le ideologie esclusive sono spesso carismatici, esprimono il risentimento dei loro seguaci, attirando il sostegno delle masse. L’esempio più clamoroso sono le leggi di Norimberga del 1935 nella Germania nazista che spogliarono gli ebrei della loro cittadinanza tedesca e proibirono il loro impiego da parte del governo e delle università. L’esempio più recente è la negazione della cittadinanza alla minoranza musulmana Rohingya in Myanmar (Birmania).
Prevenire la discriminazione significa dare un giusto peso politico e diritti di cittadinanza per tutti i gruppi di una società. La discriminazione sulla base della nazionalità, etnia o religione dovrebbe essere vietata. Gli individui dovrebbero avere il diritto di citare in giudizio lo stato, le società e altre persone se i loro diritti sono violati.